package jebl.evolution.align.scores;

public class Pam160 extends AminoAcidScores {

  private final float[][] residueScores = {

            /*  A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V */
            {   2},
            {  -2,  6},
            {   0, -1,  3},
            {   0, -2,  2,  4},
            {  -2, -3, -4, -5,  9},
            {  -1,  1,  0,  1, -5,  5},
            {   0, -2,  1,  3, -5,  2,  4},
            {   1, -3,  0,  0, -3, -2,  0,  4},
            {  -2,  1,  2,  0, -3,  2,  0, -3,  6},
            {  -1, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -3, -3,  5},
            {  -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2,  2,  5},
            {  -2,  3,  1,  0, -5,  0, -1, -2, -1, -2, -3,  4},
            {  -1, -1, -2, -3, -5, -1, -2, -3, -3,  2,  3,  0,  7},
            {  -3, -4, -3, -6, -5, -5, -5, -4, -2,  0,  1, -5,  0,  7},
            {   1, -1, -1, -2, -3,  0, -1, -1, -1, -2, -3, -2, -2, -4,  5},
            {   1, -1,  1,  0,  0, -1,  0,  1, -1, -2, -3, -1, -2, -3,  1,  2},
            {   1, -1,  0, -1, -2, -1, -1, -1, -2,  0, -2,  0, -1, -3,  0,  1,  3},
            {  -5,  1, -4, -6, -7, -5, -7, -7, -3, -5, -2, -4, -4, -1, -5, -2, -5, 12},
            {  -3, -4, -2, -4,  0, -4, -4, -5,  0, -2, -2, -4, -3,  5, -5, -3, -3, -1,  8},
            {   0, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2,  3,  1, -3,  1, -2, -2, -1,  0, -6, -3,  4}};

  public Pam160() { buildScores(residueScores); }
}
